L'Anatolie est la patrie des philosophes qui sont les pères de la science et des sciences humaines modernes. Parmi ces patries, Ionia sur les rives de la Mer Égée Orientale et l'ancienne ville de Miletos en Asie Mineure viennent en premier.
Thalès de Miletos fut le premier philosophe à prétendre observer la nature non pas pour le bien des dieux mais pour ses besoins pratiques quotidiens. Il a été la première personne à observer la nature objectivement par curiosité.
Son élève Anaximander et l’étudiant d’Anaximandre Anaximène de Miletos ont continué son héritage. Ils ont tenté d'expliquer l'origine et la structure du monde d'une manière rationnelle. Anaximandre a été le premier à décrire la Terre comme suspendue dans le vide, sans aucun soutien de nulle part.
Héraclite d'Ephèse voyait le monde dans un état de flux continu et le feu était conçu comme l'ordre sous-jacent du cosmos, se transformant continuellement tout en restant le même.
Anaxagoras, né à Clazomenae, considérait la substance matérielle comme une multitude infinie d'éléments primaires impérissables, comprenant toute génération et disparition de matériaux comme le mélange et la séparation de ces éléments respectivement. Il croyait que toute substance est ordonnée par une force de commande, l'esprit cosmique (nous).
Une école philosophique a été établie à Assos sous le règne d'Hermias d'Atarneus, qui était un ancien esclave d'Eubulus, un banquier buthynien et un ancien élève de l'Académie de Platon. Hermias a invité un certain nombre de philosophes et de naturalistes à Assos, y compris Aristote et Xénocrate qu'il connaissait de l'Académie de Platon à Athènes.
